В 1605 году Борису Годунову исполнилось 53 года. Это был еще крепкий и здоровый мужчина, хотя его уже частенько мучили недуги. Еще весной, 13 апреля, он принимал гостей и вершил государственные дела. Историки обращают внимание на один фактор, оказавший заметное влияние на ход политической борьбы в годы царствования Годунова. Это физическое состояние государя.
Еще до коронации за рубеж стали поступать сведения о его тяжелой болезни. Врачи не могли исцелить его недуг, и царь искал спасения у Господа. К осени 1600 года здоровье Бориса резко ухудшилось. Обстановку династического кризиса усугубляли слухи о скорой смерти Годунова. Царю удалось потушить мгновенно вспыхнувший конфликт и выровнять политическую обстановку в стране. Однажды внезапно после обеда он почувствовал себя плохо: из ушей, носа, рта у него хлынула кровь. Как ни старались, лекари не могли ее остановить. Больной стал терять память, но успел благословить своего сына на царство. Годунов скончался в жутких муках. Некоторые из его современников уверяли, что якобы он сам в отчаянии принял яд. Вероятна, впрочем, и версия, что его смерть очень нужна была некоторым людям, присутствующим на обеде. В некоторых источниках современники описывают смерть Годунова совсем по-другому: «Царю Борису, вставши из-за стола после кушанья, и внезапу прииде на нево болезнь люта и едва успепоновитись и постричи, в два часа в той же болезни и скончась». Как свидетельствует автор Хронографа, Борис скончался после обеда «по отшествии стола того, мало времени минувшю: царь же в постельной храмине сидящу, и внезапу случися ему смерть». Государь скончался скоропостижно, и монахи лишь «успели запасными дары причастить» умирающего.
Члены английского посольства описали последние часы Годунова со слов лечивших его врачей. Лекари, как всегда, находились при царе в течение всего обеда. Годунов очень любил сытно и плотно поесть и часто допускал излишества в еде. Убедившись, что здоровью государя ничего не угрожает, медики разъехались по домам. Но через два часа после обеда Борис почувствовал себя плохо, переместился в спальные хоромы, лег в постель, велев вызвать докторов. Тем временем бояре, собравшиеся в спальне, спросили царя, не желает ли он, чтобы Дума в его присутствии присягнула наследнику. Умирающий, содрогаясь в агонии, успел вымолвить: «Как Богу угодно и всему народу». Затем у него отнялся язык, и духовные особы в спешном порядке совершили над умирающим обряд пострижения. Близкий к царскому двору Я. Маржарет свидетельствовал, что Борис скончался от апоплексического удара.
Россияне погребли Бориса с честью в храме Святого Михаила Архангела, среди могил других правителей государства.
Казалось бы, народ должен был возрадоваться, когда после смерти Федора Ивановича на престол взошел Борис. Ведь до этого он являлся фактическим правителем при сидящем на троне Федоре, и это время было весьма благодатным для России. Но никакой радости не было и в помине. Народ откровенно не любил Годунова. Борис не был родовитым боярином, за ним не было природного права на царство. Но даже это не главное. В глазах народа Борис Годунов всегда был убийцей. Молва приписала ему смерть трех невинных младенцев, и не просто младенцев, а младенцев настоящей царской крови. Еще до убийства царевича Дмитрия, в 1585 году появились слухи о привезенной из-за границы девочке Евдокии – последней кровной представительнице династии Рюриковичей. Ее мать, Мария Владимировна, прямая правнучка Ивана III, в 1573 году была выдана Иваном Грозным замуж за ливонского короля Магнуса, и от этого брака родилась Евдокия. Когда Магнус скончался, Годунов уговорил Марию Владимировну вернуться в Москву, пообещав ей богатую и обеспеченную жизнь. Но как только Мария прибыла в Москву, разлучил ее с дочерью и заключил в Пятницкий монастырь близ Троицы под именем Марфы, где она и умерла через несколько лет. О судьбе Евдокии ничего неизвестно, но, скорее всего, она умерла где-то в 1589 году. В причастности Бориса Годунова к ее смерти мало кто сомневался. А уж после гибели царевича Дмитрия народ был в этом уверен. Стало понятно, что Борис Годунов таким образом расчищает себе путь к престолу. Хотя в настоящее время многие историки полагают, что к смерти царевича Борис Годунов отношения не имел. Существует даже мнение, что вся эта трагедия лишь спектакль, поставленный матерью наследника, Марией Нагой, с целью спасти своего сына. Однако очень уж на руку оказалась эта смерть Борису Году нову, поэтому у русских людей сомнений в том, кто настоящий убийца, практически не было. А в 1592 году по Москве разлетелась долгожданная радостная весть – царица Ирина наконец-то носила ребенка. Это означало, что у Федора Ивановича будет наследник или наследница и династия не закончится. Народ замер в восторженном ожидании. И когда Феодосия родилась, а затем, прожив всего несколько месяцев, умерла, народная молва незамедлительно обвинила в случившемся Годунова. Кто-то считал, что у Ирины родился мальчик, а Борис выкрал его, умертвил и подменил больной девочкой, а кто-то полагал, что Борис выкрал и убил Феодосию. Скорее всего, к этой смерти Годунов не имел абсолютно никакого отношения, но сомнения поселились в умах людей. Благодаря этому во время Смуты, кстати, то и дело возникали самозванцы, выдававшие себя за сына царя Федора.
Получается, каким бы хорошим Борис Годунов ни был царем, в глазах своего народа он всегда был убийцей. «Природный» царь, то есть настоящий, не избранный, мог убивать и при этом не считаться убийцей, ведь он был практически Богом, и наказание царя – это Божье наказание, даже если он лишает жизни собственного сына. Казнимые жесточайшими способами и умиравшие в тяжелых мучениях жертвы прославляли своего мучителя-царя, ведь они принимали Божье наказание. Годунов же был самым грешным из убийц, так как на его совести была кровь «природных» царевичей. Русскому народу казалось, что приход к власти навлечет на Московское царство гнев Божий.
Не прибавляла Борису Годунову популярности и супруга. Мария Григорьевна была дочерью Григория Лукьяновича Бельского (Малюты Скуратова), самого любимого опричника царя Ивана Грозного. Одно только его имя наводило на людей панический ужас. И невзирая на то, что дочь не имела ничего общего с отцом, а, напротив, была добропорядочна, сердечна, очень много внимания уделяла благотворительности, народ сомневался в ее искренности. Таким образом, имя Бориса Годунова было связано со страшным Малютой Скуратовым, и хотя последнего давно не было на этом свете, он приходился родным дедом детям Бориса, а главное новому наследнику – Федору Борисовичу Годунову. Поэтому нет ничего удивительного в том, что в летописях и других письменных документах периода после Смуты правление Годунова описывалось следующими словами: «После смерти Ивана Грозного, Борис Годунов сослал царевича Дмитрия и Нагих в Углич, Богдана Бельского подговорил устроить покушение на Феодора Ивановича, потом сослал его в Нижний, а И. Ф. Мстиславского – в заточение, где повелел его удушить; призвал жену Магнуса, „короля Ливонского“, дочь старицкого князя Владимира Андреевича, Марью Владимировну, чтоб насильно постричь ее в монастырь и убить дочь ее, Евдокию. Далее он велел перебить бояр и удушить всех князей Шуйских, оставив почему-то Василия да Дмитрия Ивановичей; затем учредил патриаршество, чтобы на патриаршем престоле сидел „доброхот“ его Иов; убил Дмитрия, подделал извещение об убийстве, подтасовал следствие и постановление собора об этом деле, поджег Москву, призвал Крымского хана, чтобы отвлечь внимание народа от убийства царевича Дмитрия и пожара Москвы; далее он убил племянницу свою Феодосию, отравил Фео дора Ивановича, чуть ли не силой заставил посадить себя на царский трон, подтасовав земский собор, и плетьми сбивая народ кричать, что желают именно его на царство; ослепил Симеона Бекбулатовича, после этого создал дело о заговоре „Никитичей“, Черкасских и других, чтобы „извести царский корень“, всех их перебил и заточил; наконец, убил сестру свою царицу Ирину за то, что она не хотела признать его царем; был ненавистен боярам за то, что грабил, разорял и избивал их, народу – за то, что ввел крепостное право, духовенству – за то, что отменил тарханы и потворствовал чужеземцам, лаская их, приглашая на службу в Россию и предоставляя свободно исповедовать свою религию, московским купцам и черни – за то, что обижал любимых ими Шуйских и Романовых и пр. Затем он отравил жениха своей дочери, не смог вынести самозванца и отравился сам. Вот и все». Подкрепленный точными ссылками, этот список обвинений не вымышлен и даже, в общем-то, не преувеличен. Он просто объединяет все то, чему верили и чему не верили исследователи, что они излагали как факты, и что считали домыслами. Беда Годунова состояла в том, что в те времена писавшие о нем не заглядывали дальше преданий и клевет, внесенных в летописи и мемуары.